Institutul de Arheologie Sistemică Iuliu Paul a luat naştere în urma transformării Bazei de Cercetare cu Utillizatori Multipli înfiinţată în 2001 pe baza unui grant internaţional finanţat de Banca Mondială. Denumirea "Iuliu Paul" a fost adăugată în 2011 ca urmare a solicitării colectivului de cercetători din cadrul Institutului în semn de recunoştinţă pentru fondatorul Institutului, dar şi al Universitaţii "1 Decembrie 1918" din Alba Iulia. Din 2013 Institutul de Arheologie a fost inclus în cadrul Facultăţii de Istorie si Filologie, specialistii acestuia fiind afiliaţi Departamentului de Istorie, Arheologie şi Muzeologie (DIAM) al Universitaţii albaiuliene.

Baza de Cercetări cu Utilizatori Multipli (B.C.U.M.) s-a constituit pe baza grantului de tip B, aprobat prin Contractul nr. 198/24.01.2001.

În perioada 2001-2003, B.C.U.M. s-a format ca o structură de cercetare, având ca scop dezvoltarea unui sistem de pregătire, teoretică şi practică, a specialiştilor în domeniul arheologiei, al conservării şi restaurării materialelor şi siturilor arheologice, începând cu pregătirea de specialitate a studenţilor şi continuând cu cea de specializare postuniversitară (masterat, doctorat) şi postdoctorală.

După încheierea grantului, B.C.U.M.-ul s-a transformat într-un INSTITUT DE ARHEOLOGIE SISTEMICĂ (I.A.S.), ce ulterior, în 2004, a fost acreditat de către M.E.C. şi C.N.C.S.I.S., prin Certificatul nr.20/CC-C.

Prin activitatea desfăşurată în prezent se doreşte extinderea serviciilor academice şi antreprenoriale (către terţi) oferite de I.A.S. şi implicit, a contribuţiei Institutului la dezvoltarea cercetării ştiinţifice în Universitate.